Igreja de Jesus: Decorada com talha dourada e azulejos portugueses, é um notável exemplo da exuberância da decoração barroca.
Coro Interior: Contém o túmulo de Santa Joana, uma obra-prima da arte barroca em mármore multicor, da autoria do arquiteto real João Antunes.
Claustro e Refeitório: Remontam ao final do século XV e início do século XVI, com paredes revestidas de azulejos e uma graciosa tribuna de leitura.
Exposição Permanente: Apresenta um espólio significativo de obras de pintura, escultura, talha, azulejo e ourivesaria .